Geboren wurde Rudolf Wachter am 01.04.1923 in Neukirch im Bodenseekreis als Sohn eines Schreiners, der auf dem Dorf Stilmöbel herstellte. Nach seiner Ausbildung zum Schreinermeister musste Wachter als Soldat im 2. Weltkrieg nach Russland, wo er schwer verwundet wurde und dadurch ein Bein verlor.
Von 1946 bis 1949 besuchte er die Holzschnitzerschule in Oberammergau und studierte darauf bis 1955 Bildhauerei an der Akademie der Bildenden Künste in München. An der Akademie lernte er auch seine spätere Frau Ursula kennen, mit der er 1955 das gemeinsame Atelierhaus in der Wallnerstraße entwarf und baute.
Wachters abstrakte Skulpturen sind mit der Kettensäge aus großen Baumstämmen geschnitten. Er plante die natürlichen Veränderungen des Holzes mit ein. Durch Schwundschnitte, die alle Jahresringe durchtrennen, sind die Skulpturen vor Rissen durch den Trocknungsprozess geschützt. Das Holz konnte sich entlang der Schnittfuge zu einem keilförmigen Einschnitt zusammenziehen. Besonders charakteristisch sind die labyrinthisch gewundenen Körper seiner späteren Schaffensphasen.
Er wurde mit dem Kunstpreis der Landeshauptstadt München (1993), dem Verdienstkreuz am Bande des Verdienstordens der Bundesrepublik Deutschland (1995) und dem Bayerischen Verdienstorden (2002) ausgezeichnet.
2005 wurde im Neuen Schloss in Kißlegg das Museum Rudolf Wachter eröffnet.
Am 16. Juni 2011 verstarb Wachter in der Auensiedlung in München.